La casilla reparticion solo se debe activar al usar el archivo PIT, si la activas sin este es posible que brikes el movil.
Obviamente el PIT es el archivo que indica que tamaño poner a cada particion al re-particionar estas. Realmente se usa para instalaciones limpias por Odin pero aun asi yo prefiero antes de usar Odin hacer los wipes y si ya tienes un custom recovery hacer mejor los format que limpian mas que los wipes.
Sobre todo en ROMs para Odin de un solo archivo (algunas llevan varios archivos para poner en las distintas casillas de Odin y otras solo 1 que se pone en la casilla PDA), personalmente a mi no me suelen arrancar estas si no le ago wipes, en cambio las de varios archivos no suelo tener problemas (aunque cada movil es un mundo y no a todos nos pasa eso)
Edito: mucho OJO con el archivo PIT existe una leak (rom beta) algo antigua que lleva un PIT erroneo y reduce la memoria interna de 16gb a solo 8gb (si te pasa eso, aunque es raro verle por lo antiguo que es, vuelve a reparticionar con un PIT correcto y luego formatea la particion desde android). Este archivo es el mismo desde el inicio del SGS2 con lo que te sirve cualquiera menos el incorrecto (este suele indicar en el nombre que es para 8gb). Aunque para la proxima actualizacion a JB parece ser que cambiara por que quitaran 1 GB de almacenamiento para darselos a la particion /system.