Si en Ajustes>Almacenamiento, no cambias la memoria por defecto de "Interna" a "SD externa", todo se guarda en la memoria del teléfono y para bien o para mal (el usuario puede aprovechr TODA la memoria del teléfono, ya sea para aplicaciones o para sus cosas) todo está en la misma partición (sin entrar en más detalles de como el sistema lo consigue), si bien el sistema sabe distinguir donde esta cada cosa, para el CWM es un todo y como tal lo trata y hace backup de todo.
Creo que ese puede ser tu problema.
Saludos.