Yo también uso Swiftkey y no me aparece ese problema. Cuando reinicio el móvil sigue apareciendo como teclado por defecto, no tengo que andar tocando nada. No tengo ni idea de por qué puede ocurrirte eso, a ver si alguien de por aquí te puede echar un cable, porque menudo engorro tener que andar configurando el teclado cada vez que reinicies el terminal! :S
