La respuesta facil para el tema del root es Galaxy note 2 toolkit. Una completa aplicacion que permite rootear, desrootear, instalar recovery custom, reinstalar el de origen, tiene muchas opciones utiles.
En cuanto al recovery stock, la unica ventaja que tiene es la opcion de hacer wipe, que en caso de problemas con el sistema te permite hacerle un factory reset, para todo lo demas mucho mejor los custom como clokwork o TWRP. En cuanto a lo de entrar en el, puedes entrar sin peligro, que no te cuenta para nada el contador de flasheos, basicamente porque no estas flasheando nada.
