Las aplicaciones no se copian en la micro SD van en /data/app y las que instala el mismo android fuera de esta lo hace en la interna dentro de /.android_secure, estos archivos no se ven desde el movil ni siendo root ni con opciones de ver archivos ocultos en los gestores de archivos, solo desde el PC y no suelen funcionar el copia/pega por que normalmente dejan de funcionar.
Lo que tengas en la micro SD solo seran cosas que tu copiaras alli o como mucho algun archivo en /Android/data, LOST.DIR (esto se puede borrar sin problemas), /data y /DCIM/.thumbnails (esta ultima es raro que este aqui suele quedarse en la memoria interna).
Vamos que con un copia/pega de toda la SD a la nueva no tendras ningun problema y no perderas ninguna app por que no van en la micro SD.