Tienes que volver a stock rom ya root para que vuelvas a tener autorotation, pasa generalmente cuando vienes de sense4 a una rom com base jellytime por ejemplo esta, pasate por aqui
http://www.forum.xda-developers.com/....php?t=1382235
Luego haces configuracion minima compruebas que la rotacion se arregló y luegos entras al recovery con algun programa de la playstore o por adb reboot recovery con linea de comandos y vuelves a instalar la rom de tu preferencia.