Una cosa, las aplicaciones se encuentran en la partición ext. Por eso te conserva las aplicaciones. Por ello te decía que si querías dejarla limpia limpia, lo mejor es desde el recovery rehacer las particiones para que las deje todas limpitas. Me alegro que te funcionase.
Si no es mucho pedir, que tutorial seguiste para cambiar el SPL? Me vendría bien para completar el Wiki para el que tenga una 1.5 Roger original. Gracias