Vale, ya he descubierto porque no encuentra las copias de Titanium.
Resulta que esta Cyano guarda todo en /storage/sdcard/legacy en vez de storage/sdcard, no se si por el tema de los permisos en 4.2 o por temas de seguridad etc, con lo que titanium al ir a buscar a /storage/sdcard/legacy/titaniumbackup no encuentra nada.
De momento lo he solucionado copiando desde la antigua carpeta a la nueva y perfecto pero esto me parece un poco chapuza, no se si habra alguna forma de decirle a la ROM que no utilice la carpeta legacy como si fuera la raiz de la sdcard.
¿Ideas? Bueno, yo sigo investigando, si veo algo mas os voy diciendo