Mmmmmm..
Yo no soy un experto en esto, pero a juzgar por las fotos que pones, parece ser que con algún programilla o truco de registro has modificado el ancho de la barra de desplazamiento lateral y por ello los iconos se han de redimensionar y lo muestra en 2 columnas en vez de en 3.
Con el Advanced Tool v3 se pueden modificar esos parámetros. El ancho por defecto de la barra vertical de desplazamiento es de 13 píxeles.
Espero que te funcione.
Saludos