Veamos. El concepto de nandroid backup es que hace una copia exacta del sistema en ese momento para restaurarla en cualquier momento sobre la misma rom.
Es decir: tu nandroid backup sobreescribirá todo el sistema si la restauras, borrando todo lo actual. No hablamos de datos de las memorias internas como vídeos y esas cosas, sino de aplicaciones y ajustes.
Y te recomiendo que, para lo segundo, uses Titanium Backup Pro.
Un saludo