A ver a ver esto es muy raro.
Yo tengo la versión 3.4.2 y si hay opción de activar los led para llamadas perdidas:
Y sobre lo de ser root o no, estoy completamente seguro de haber usado esta app antes de poner la cm10. Nunca me funcionaron los botones pero si el led de la cámara.
No se que más decir, quizá no está optimizada la aplicación para las rom Sense con jb...