Las particiones tienen que ser primarias (a la hora de crearlas te pregunta) y para tener compatibilidad total la segunda formateala en fat32 tambien, y si usas link2sd pon como mucho 500 mb, aunque si tienes una sd de clase 6 o 10 puedes utilizar int2ext, que lo que hace es utilizar la 2º particion para apps, como si fuese memoria interna