Te refieres a actualizaciones y roms oficiales no?
Para hacer algo realmente limpio rootea el teléfono y luego ya si quieres metes una rom stock o una custom, pero no podrás limpiar todo del teléfono sin ser root. Cuando se le da a restablecer valores de fábrica limpia sólo las aplicaciones que tú has instalado, pero y las memorias cache y dalvick qué? esas no se limpian?