Es un problema conocido en las ultimas versiones de Swype
Nos pasa a muchisimos
Lo que he hecho yo es, una vez tengas el diccionario configurado a tu gusto, haz una copia de la app y datos con Titanium, y cuando te vuelva a pasar, desinstalas desde Titanium, reinicias, y restauras, asi tendras todo tu diccionario de nuevo