tienes flashtool actualizado? pon la última versión o directamente desinstálalo y vuélvelo a poner, vuelve a instalar los drivers, reinicia pc e insiste. ah, y cierra pccompanion, por si acaso. yo últimamente uso flashtool para rootear y salvo un par de veces, siempre ha ido a la primera. suponiendo que los drivers los tengas bien instalados, más que nada reinicia el ordenador.
si lo haces con el script de doomlord revisa antes en el administrador de tareas que no esté ejecutándose el proceso adb.exe, y si está ahí, cierralo.