Kernel es núcleo, en éste caso núcleo del sistema, es nomenclatura Linux. Si conoces Windows sabrás lo que es el sistema.
Rootear es adquirir derechos sobre el sistema. El rooteo es siempre sobre el sistema, es absurdo hablar de instalar un kernel en un teléfono con permisos root; el kernel anterior debe borrarse previamente durante la instalación del nuevo.
Si, para instalar un kernel es indiferente el estado root del sistema que borrarás.