te sale un listado con todas las apps que hay en la copia (usuario y sistema) pudiendo elegir que quieres restaurar y que no (solo las apps,solo los datos,las dos cosas)
En cuanto a si hay problemas al restaurar datos de diferentes Roms, si son la misma base no, otra cosa seria restaurar datos de una rom ginger por ej en una ics o al contrario. entonces no es nada aconsejable y mas si son datos del sistema (puedes tener errores por todos lados y que la rom se vuelva completamente inestable hasta el punto de quedar inutil)