Por kies no podras actualizar si eres root. No te avisara de la actualizacion. Tendras que hacerlo por ODIN.
Al meter una rom oficial, se pierde el root. Aunque con la app supersu tambien se puede desrootear.
Haz un backup y despues sigue el tuto que hay para dejarlo de fabrica.
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=405776
Si despues quieres volver a dejarlo como ahora, lo haces root con el cf root y recuperas el backup.