Lo primero puede ser porque los tonos que intentas asignar están almacenados en la SD externa.
Al arrancar hace un chequeo de errores en la SD, que a veces tarda demasiado tiempo y puede que el sistema ya completamente arrancado se de cuenta que los mp3s asignados no están accesibles y les asigne el predeterminado.
Si esto pudiera ser tu caso prueba a copiarlos a la memoria interna.
En cuanto al widget del tiempo, le pasa a mucha gente. Creo que lo arreglaban en el gestor de aplicaciones, borrar datos de aplicación en "Weather widget main" y "Weather daemon".
Estos datos de aplicación sobreviven a las actualizaciones, no es que sea un fallo de las diferentes ROMs que nunca se ha corregido. Si hicieras un factory reset tras cada actualización no tendrías este tipo de problemas, claro que es muy pesado reinstalar todo.
