Efectivamente al cargar una Rom, todos los datos guardados en la PDA se borran.
Por ello combiene tener sincronizados los contactos y mensajes con el Outlook de tal manera que despues del flasheo puedas recuperarlos facilmente.
Con respecto a los datos guardados en la SD, estos no se borran. Asi, si tienes ahi guardados los .CAB de todos los programas que tengas instalados te resultará sencillo volverlos a instalar una vez que tengas la nueva rom.
Yo he cambiado ya varias veces de Rom y es como una droga. Solo me queda pendiente buscar algun programa que guarde mis SMS. No es que sea muy importante pero alguno simpre hace ilusion guardar.
De todas formas, pasate por el subforo de Roms para la HD que ahi tienes unas cuantas mucho mas apetecibles que la ofrecida por htc.
Con el tema garantia, simpre puedes volver atras si tienes que enviarla al servicio tecnico.