Hay en descargas programas que te guardan los SMS. Los contactos te los guarda el activesync, y si quieres guardar alguna carpeta en concreto desde el active exploras el dispositivo y guardas los avances de juegos o mis documentos o las configuraciones del reproductor musical etc.. que suelen estar colgados de la raiz del dispositivo en Aplication data.
Por lo demas te tocara reinstalar todo si lo haces desde activesync en 1 hora la matizas. Pero NUNCA restaures una copia de seguridad de una rom DISTINTA pues te dara serios problemas . Saludos