No sé mucho del tema pero he tenido experiencia en ROM y hacer los wipes es para que al cargar la nueva ROM no de ningun fallo ya que si no lo haces dejas datos y restos de la ROM anterior entonces entraria en conflicto con la que instalas nueva, de ahi hacerle los wipes. Y sobre las app si se borran y lo que debes hacer es un backup de tus app y poder recuperarlas luego.