A ver, aunque te salga en estado normal algún usuario de xda ha probado a comprobar actualizaciones y creo que no le dejaba, pero solo ha probado uno así que no estoy seguro. Pero si fuera así no te bastaría con desactivar la aplicación, sino que deberías primero desactivarla y luego dejar de ser root. Que en este caso con la aplicación su de chainfire es bien sencillo! Pues si te metes en su te aparece una opción para dejar de ser root y quedarte cómo al principio ;) así que con un solo click dejarías de ser root y tu estado y demás sigue siendo normal y se debería poder actualizar por ota.
En segundo lugar. El su no te hace la copia de seguridad de todo el teléfono, solo da acceso root a lad aplicaciones que lo solicitan. Para hacer esa copia lo mejor es titanium backup ;) así puedes borrar sin problemas, aunque lo mejor es que no borres nada que no estés seguro.
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