Creo que por defecto la copia la hace de las apps + los datos.
Peeeero se aconseja que al restaurar el backup, sólo se restauren las apps, porque si restauras apps + datos y la base de la Rom es totalmente distinta de la que se acaba de flasear, pueden producirse fc's a porrillo, por lo que uno puede llegar a aburrir una Rom absolutamente cojonuda por algo tan simple como la restauración digamos que "no demasiado limpia" de las apps...
Ahora bien, si la base es la misma, (yo por ejemplo el 99% de las Roms que llevo últimamente son AOKP) no suelen dar más problema, pero un buen consejo es restaurar apps, y poco a poco ir restaurando datos de apps concretas. Así puedes saber si alguna app te está haciendo la puñeta. La desiinstalas, la vuelves a instalar sin datos, y a disfrutar de la vida.
O eso creo.
Taluego!!