Al hace wipes se te borra todo. Los grupos y mensajes del WhatsApp no se borran, porque el WhatsApp está programado para crear una copia de seguridad de chats el día X de cada semana a X hora (no recuerdo ahora mismo ni que hora ni día). Si quieres tener una copia aun más reciente, en Configuración>Configuración de chat hay una opción que pone Copia de seguridad de chats o algo así. Le das y te crea una copia en la SD, que cuando reinstales WhatsApp, éste restaura esa copia.
Salu2!!