flashear la rom directamente. si tienes bootloader abierto, con tener un kernel pre-rooteado (imagino que serán todos los custom) es más que suficiente. si quieres tener un stock kernel, está por ahí el advanced stock kernel; la diferencia con el oficial es que lleva recovery y soporta scripts en init.d (no se si también le funcionará el swap).
con flashtool, si no marcas las casillas de wipe quedan los programas instalados, de todas formas, si haces unca copia de seguridad con titanium backup luego puedes restaurar.
en los tutoriales recomiendan marcar los wipes para hacer una instalación limpia, así te aseguras que no dará problemas