No puedes instalar roms desde flashtool, hay que hacerlo desde el recovery
El kernel lo puedes meter cuando quieras, antes o después de instalarla
Sigue el tutorial de Gus_ArcS para instalar kernels
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=508483
Edit: antes de instalar kernels asegúrate de tener el bootloader abierto

