El programa que te comento precisamente es un recovery, solo que yo tengo el 4ext recovery, el que mencionan al principio del hilo es Recovery-RA, hay otros recoverys, cada uno funciona de diferente manera para hacer las particiones.....
Yo te recomiendo que ingreses a tu recovery, que hagas full wipes, (todos) datos de fabrica, wipe cache. wipe dalvik, batery, system, boot, etc, los que traiga tu recovery, wipe sd y particion ext, luego instala nuevamente la rom, luego de que se estabilice haz nuevamente las particiones, sin haber instalado aśn aplicaciones del market y tampoco sin hacer uso del s2e, ya que tengas nuevamente hechas las particiones, ( recomendado ext4 con un sd arriba de clase 6, la mia es 10) usas s2e para montar la particion ext, luego marcas las casillas para pasar los datos de aplicaciones a la particion.
Con esto no deberia darte problemas..