Eso que enumeras no son fallos, la barra no se desactiva, se oculta, ademas de que ese ocultamiento es muy practico. descartando eso como fallo.
Y lo otro que comentas de NFC creo que es un caso aislado en tu terminal, a mi me sale todo correcto, asi que tambien se debe descartar como un fallo general de la 4.1.2
Saludos! intenta hacer wipe dalvik o wipe a secas, no se, a lo mejor es un fallo que ha creado algun conflicto entre archivos relacionados con los accesos directos de la barra.