Bienvenido j_p!
Bueno, no se si entiendo del todo tu consulta, pero voy a ver si puedo ayudarte de alguna forma. Creo te lo "complicas" mas de lo queen realidad es... A ver, para el tema de aplicaciones nada mas facil que pasarte por el subforo de software y perder un rato largo en el y verás un monton de aplicaciones que puedes instalarte. Unas seran de utilidad para ti, otras no. Es cuestión de ir probando cuales te interesan. I si una vez instaladas ves que no es lo que esperas/necesitas, lo desinstalas y punto. Si que puedo decirte que hay algunas casi "imprescindibles" como por ejemplo Apndroid, que capa las conexiones 3g (muy útil para que si vas al extrangero no te peguen un sablazo en la factura). Un explorador de archicos tipo Astro etc....
Lo del tema root, para mi ya es para gente mas "avanzada" yo no lo soy y no encuentro que tenga nececidad de serlo, pero eso ya va a gusto del usuario. Si eres una persona "inquieta" a la que le gusta estar trasteando todo el rato y provar siempre las cosas hipermega nuevas que van saliendo, pues te haces root, pero aunque por aquí hay unos manuales muy buenos para hacerlo, tambien debes saber que si no se hace bien, o con cuidado, puedes "joder" el movil......
No se si te he ayudado o no....... pero la intención era buena