He encontrado un post en XDA bastante interesante.
http://forum.xda-developers.com/show...2011522&page=1
Algunos comentan que es problema de software o hardware no queda claro, ya que no hay una manera facil de reproducir el error. Hasta que he dado con este post
"Of all the people who have had their brightness controls stop working, had you disabled the UI animations in the developer options?
I re-flashed stock rom 2 days ago and kept the 1X animations activated and auto-brightness has never stopped working since then!"
Yo siempre he sido un maniático en cuanto a animaciones y siempre las he eliminado, por favor responder si las habéis quitado y esta es la solución