Existen varios metodos
Yo lo que hice fue hacer un backup de las apps y su configuración con Go Backup Pro.
Te guarda los mensajes, el registro de llamadas, los puntos wifi, etc... y como dices las aplicaciones y su configuración.
Hay una versión gratuita pero creo que para tus necesidades requirarás la de pago... (la gratis tiene limitación de 200Mb maximos por cada backup)
Aunque puedes primero hacer un backup y luego otro...