Bueno es para mi una gran alegría comunicar que ya he solucionado el problema xd. Aunque parezca extraño, se ha solucionado al desactivar la opción "Háptico automatico" (que hacía vibrar todos los juegos). No lo había quitado por perrería, pero al ser una molestia que vibrara todo el rato guiandose por el sonido y no por los botones lo quite.
Ahora ya me funcionan casi perfectos los juegos de 64 (sin modo ahorro). Gracias a todos, por cierto he aprovechado para actualizar a la 4.1.1 (ICS supongo)