Para que quieres utilizar el flashtools? Para instalar solo necesitas un kernel con recovery busca el post de linkinroy
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=500177
donde pone el kernel adecuado para instalar CM10, y después meter la rom y las gapps en el móvil hacer los wipes, importante el format system y listo, ya lo tienes.
Lo mejor es que vayas a la página de XDA que pone todo claro.
Desde mi SXS con AOKP a toda vela