Estáis hablando sin tener en cuenta cosas bastante básicas. Vayamos por partes. No podeis comparar unas stock con un sistema que ha sido portado de otro terminal.
Gingerbread ha sido la versión de Android que más tiempo se ha estado puliendo y más sub-versiones ha tenido. No hay mejor forma de verlo que a pesar de que ya hay dos versiones superiores, sigue ocupando el 50% del el mercado, como podeis ver en este grafico:
Ice Cream Sandwich ha sido un salto importante desde GB y tiene fallos que no se han depurado. Uno de los mas notorios es el de la batería, que sucede incluso en las stock ICS de otros terminales. Siguiendo por ahi, ICS ha tenido poca vida útil, pues rapidamente han pasado a JB, donde han subsanado varios de esos errores.
Por otro lado, JB tiene dos versiones diferenciadas (4.1.2 y 4.2) que han salido en muy poco tiempo, por lo cual apenas ha habido tiempo de depurar nada. Las grandes roms AOSP apenas han sacado una versión 4.1.2 mas o menos estable y ya se han puesto a trabajar en 4.2.
En definitiva, si quereis comparar entre stock y custom, hacedlo en igualdad de condiciones: Comparad con Custom GB. No me podeis decir que preferis una stock a cualquiera de las fantasticas roms que hacia Broodplank, texten o crybert.