Todo lo que preguntas está más que hablado, sólo hay que pararse a leer un poco el foro...
El contador de flasheos no sube siempre que pongas stocks rooms, es decir, rooms oficiales. El rootear el teléfono no sube tampoco el contador.
Para que Kies te reconozca el terminal tendrás que cambiar el CSC de tu móvil en función de la stock room que pongas en tu terminal, así Kies si podrá actualizarte, por via OTA pasará lo mismo!
Para tu próxima consulta usa el buscador, ya que, como te dije anteriormente, todo lo que preguntas, ha sido varias veces respondido...