No puedes rootear sin hacer unlock o bloquearlo después.
No sabía de ese programa, pero por lo que parece, sí que puedes conservar todo, desbloquear bootloader, hacer root y restaurar.
Dejarlo sin rastro es tan fácil como bajarte la imagen oficial del sistema de la Nexus 7 y con un par de comandos de fastboot lo tienes listo en unos instantes.