Dices que haces wipe cache al instalar la nueva rom, mal, hay que hacer wipe data. Además de hacerlo cuando instalas superuser.zip también hay que hacerlo al instalar la rom nueva.
Date cuenta que pasas de una rom gingerbread a un jelly bean, si no haces wipe data normal que te pase eso.
Y cuando pongas rom manager no hace falta que le des a flashear recovery, solo a reboot recovery. Las roms stock no tienen forma de reiniciar en recovery sin una app como esa.