Antes de darle a restore backup, requieres regresar el sistema de archivos a formato rfs, pues la custom rom lo convierte en ext4.
Para hacer eso hay 2 formas sencillas:
-flasheando stock por odin convierte el sistema a rfs. Después haces root, instalas cwm recovery y restauras el backup, ó
-consigues la app 'Ext4 manager' que puedes sacar del zip de cf-root o algún otro rom (creo stocklite la trae). Pones la app en system/app con permisos rw-r-r y reinicias para instalarla como app de sistema. Abres la app y seleccionas convert to rfs, ignoras la advertencia y dejas q termine. Después reinicias en recovery y le das restore backup.