No creo que se deba al tema de la depuración usb. Muchos compis comentan que han flaseado sin depuración activada sin más problemas. Aunque tampoco se aconseja hacerlo.
¿Pones el .pit,no? ¿marcas repartition? ¿Tienes cerrados todos los procesos de kies?
Podrías probar con otro cable y/o puerto del pc. Parece una tontería, pero en mis más de 2500 posts, te aseguro que he visto de todo...
Por probar no pierdes nada.
Suerte, compi!!