Si tienes esa rom ya tienes el root permanente porque viene roteada...
Las opciones que veo son, borrarle datos a la app superusuario desde ajustes y a ver si te lo soluciona(asi te deveria pedir los permisos de nuevo) y sin con eso no funciona pues hacer los wipes, con pedida de datos,claro...
Si aun asi no va tendras que reinstalar la rom, a veces pasan estas cosillas por algun fallo en la instalacion, aunque no suele pasar.
