Creo que he conseguido solucionarlo, lo pongo aqui para que se sepa. He cambiado de Kernel y he metido una Nigthly rom de mango y parece que ahora funciona todo correctamente. El kernel que he usado es el CM9_FXP148_boot.img_mango_20121123.zip . Por si a alguien le vuelve a pasar, para que quede documentado.
Gracias a todos.