Para hacer una copia de seguridad de todo tu sistema lo tienes que hacer desde el recovery.
Tienes que entrar a recovery, después pone ''Backup and restore'', entras ahí y haces un backup, guardas ese archivo en el ordenador y cuando lo quieras restaurar pues lo metes en la SD y vas al mismo menú, pero esta vez le das a 'restore' para que se restaure el sistema a la copia que tú has metido.
El Titaniun backup sólo hace copia de tus aplicaciones y datos de las mismas.