Te copio y pego la explicacion:
Cada aplicación de Android, las .apk, vienen acompañadas de un archivo .odex, (odexed) que los grupos de programación oficiales hacen de esa forma para maximizar la compresión y ganar espacio en el sistema. El problema de las ROMs odexed viene a la hora de poder hacer modificaciones (Custom ROMs) por parte de la comunidad, ya que los archivos .jar (que acompañan al sistema principal) son muy difíciles y costosos de modificar, limitando así las posibilidades de customización.
Así que lo que se hace es convertir las ROMs en deodexed. ¿Cómo? Pues cogiendo el archivo .odex que acompaña a cada .apk y transformándolo en un .dex, y una vez hecho esto, este archivo .dex no irá libre, sino es integrado de pleno en la .apk. De esta forma el framework (esqueleto del sistema, por decirlo de una forma) queda a "merced" de la comunidad para poder "meterle mano" de una forma más sencilla.
