No creo que exista ninguna app que borre restos de otras,completamente

Los tienes que borrar manualmente,y se suelen quedar en data/app y en sistem/app!
(Usa el root explorer)
Sobre lo de una instalacion de rom limpia te digo,lo que me aconsejo ayer mi amiguete aguslague:
Todo depende desde donde instalas. Si ya tienes una LSA no hace falta wipe data, aunque es aconsejable.
Wipe caché y dalvick siempre tras flashear! !
Y para que la instalación sea más limpia y eliminar posibles fallos puedes hacer format.
Format sdcard borra toda la sd interna.
Format system borra restos de la Rom anterior en el sistema del teléfono pero no borra datos de tu sdcard interna.
Format preload limpia más aún y tampoco borra datos de tu sd interna.
Cuanto más borres, más limpia será y mejor.
Siempre haced un nandroid backup, y a ser posible guardarlo en ls sd externa o en el pc.
Los nandroid backup se guardan en clockworkmod\backup
Espero,te sea de ayuda,salu2