Acabo de instalarla manualmente desde CWM v6.0.1.9, no he perdido nada, sigue rooteado perfectamente, comprobado con el Titanium Backup y mantengo mi recovery touch intacto.
Eso sí, antes de reiniciar me ha avisado del cambio de recovery y del root a lo cual le he dicho que los repare.
Un saludo.
