Mejor sacarla al principio del proceso, en cualquier caso lo importante es que no esté puesta en el telefono cuando ejecutes el Superoneclick.
El botón Root es un boton del programa superoneclick, cuando lo ejecutes en el ordenador lo verás, es grande y pone ROOT asi que no tiene pérdida.
Es dificil meter la pata en este proceso porque es de los más sencillos pero así con todo, no pasaria nada, simplemente que el teléfono no se rootearia. En cualquier caso siempre es posible volver a instalar la versión original de yoigo sin problema.
Te recuerdo que una vez hecho el root tienes que instalar el programa Link2sd (está gratis en el Google Play), y al abrirlo te saldrá la lista de aplicaciones que tienes instalada en el telefono. Mantienes pulsado el nombre de una de las que quieres pasar a la tarjeta microsd, y cuando se abra un menu, seleccionas "Pasar a la tarjeta SD". Asi con todas las que quieras mover. Es recomendable no mover las aplicaciones internas del movil, hazlo solo con aquellas que has instalado tu, como whatsapp, facebook, etc. Si tienes algún gadget en el escritorio (en plan gadget de calendario, o de prediccion del tiempo, etc) mejor no los muevas porque en la tarjeta sd no funcionaran.
Saludos.