Lo primero que debes hacer si no lo has hecho ya es hacer copia de las carpeta efs. Luego lo demás lo puedes hacer todo directamente desde el recovery. Te aconsejo que metas una rom oficial por odin primero y luego le des a la opción de restablecer valores de fábrica. Si lo haces desde una cocinada te quedarás sin rom y luego tendrás que flashear por odin una oficial.
Para borrar las cosas de la sd interna puedes rootear y luego desde el recovery modificado que te proporciona el root ir a mounts and storages y desde allí hacer format a la internal sd, con eso borras todo lo que tienes en la sd interna. Después ya solo tienes que meter en la sd la rom que quieras y ya sabes como va el tema del flasheo.
Un saludete.