Básicamente: los contactos del teléfono son los que se guardan físicamente en el terminal, y los de la cuenta google son, pues eso mismo. Si formateas tu terminal, perderás los contactos del teléfono, no así los de la cuenta google.
Yo, por descontado, no uso los del teléfono, sino sólo los de la Google, precisamente para no perder ningún contacto en caso de desastre (aunque tampoco está de más exportarlos a un archivo y guardarlos en el pc).
En cuanto a lo de vincular, es exactamente eso mismo que comentas de "fusionar". Puedes hacerlo contacto por contacto, o bien ir esperando que sense los vaya reconociendo. Al acceder a los contactos, verás que en la parte de arriba sense te ofrece sugerencias de vinculación entre contactos de distintas cuentas que entiende que pueden ser de la misma persona (e incluso agregar a personas de las que tienes el teléfono pero no el Twitter, por ejemplo).
Haz copia de seguridad en google de tus contactos y empieza a trastear sin miedo. Verás que no es tan complicado
Enviado desde mi HTC One S usando Tapatalk 2