yo uso el go contacts ex, tiene una opcion de unir contacos, por nombre, correo o numero de telefono
te sale un listado con lso contactos "duplicados" agrupados y tu seleccionas cuales si fusionar y cuales no.
ejemplo
benito camela
benito camela rico
seleccionas benito camela rico para que tome ese nombre y le das si... obvio si los contactos no tienen nada en comun tendras qeu ahcerlo manualmente, ejemplo un contacto francisto y otro paco =P, espero te sirva esto ;)